在使用紫外线消毒器进行杀菌处理时，需要注意以下几方面的问题：
1.注意消毒水体的SS浓度不能太高虽然紫外线消毒具有广谱性、无二次污染、消毒效率高、操作简便、费用低等优点，但其消毒效果受水中SS影响较大，一定程度上也影响了紫外线消毒技术的应用。而根据调查，我国约五成污水厂出水的SS浓度在20mg/L以上，不利于紫外线消毒技术的直接应用，这些无水厂的污水需要经过过滤处理后再使用紫外线进行杀菌消毒。
2.加氯联合使用
紫外线消毒不像加氯消毒，不能提供剩余的消毒能力以防止供水管内发生细菌再生和再污染的问题。经紫外线消毒处理的水离开反应器之后，被紫外线杀伤的一些微生物会在光复活机制下修复损伤的DNA分子，使细菌再生，影响消毒的效果。
3.定期清洗石英套管
设备由于长期的运行，有许多无机杂质会沉淀、粘附在套管外壁上。尤其当污水中有机物含量较高时更容易形成污垢膜，而且微生物容易生长形成生物膜，发生结垢现象，会抑制紫外线的透射，影响消毒效果
紫外线消毒技术虽然还存在一定问题，但在杀菌效果、灭菌效率和运行成本方面较其他传统消毒方法都具有明显的优势。随着我国紫外线消毒技术研究的不断深入，紫外线消毒装置设计的日益完善以及实际运用经验的累积，未来将有更多污水处理厂采用紫外线消毒技术。